公安机关扣押车辆的，若是将其作为作案用嫌疑车辆而扣押，之后发现与案件无关的，那么会在3日之内返还。如果属于作案工具等，车辆随案件走程序，最终由法院判决如何处理。法律依据：《道路交通安全法》第七十二条公安机关交通管理部门接到交通事故报警后，应当立即派交通警察赶赴现场，先组织抢救受伤人员，并采取措施，尽快恢复交通。交通警察应当对交通事故现场进行勘验、检查，收集证据；因收集证据的需要，可以扣留事故车辆，但是应当妥善保管，以备核查。对当事人的生理、精神状况等专业性较强的检验，公安机关交通管理部门应当委托专门机构进行鉴定。鉴定结论应当由鉴定人签名。
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